Фамилия Фоноберенко — редкий случай, когда в одной основе сталкиваются два разных языковых мира. В отличие от большинства украинских фамилий на -енко, которые образованы от славянских имён или прозвищ, здесь корень явно немецкий. Первая часть «Фоно-» — это, скорее всего, искажённое «фон» (von) — немецкая приставка, указывавшая на дворянское происхождение или место рождения. Вторая часть «-берен» может восходить к немецкому Bär («медведь») или к названию города Берен (Bären). Таким образом, исходная форма могла звучать как «фон Берен» — то есть «из Берена» или «медвежий».

Как немецкая частица «фон» попала в украинскую фамилию? Скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда на территории Малороссии (современной Украины) служили или селились немецкие колонисты, офицеры, инженеры. Местное население переделывало их фамилии на свой лад: приставка «фон» превратилась в «Фоно-», а к основе добавили типичный украинский суффикс -енко, означающий «сын» или «потомок». Получилось «Фоноберенко» — «сын того, кто из рода фон Беренов».

Суффикс -енко в этой фамилии необычен: обычно его добавляют к славянским именам (Петренко, Иващенко), а здесь он прирос к иноязычной основе. Это говорит о том, что носители фамилии довольно быстро обрусели или украинизировались, но сохранили память о немецких корнях. Географически фамилия встречается в основном на востоке Украины и в южных областях России — там, где исторически были немецкие поселения.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Фонобере́нко. Встречаются варианты написания с одной «н» — Фоноберенко, но исходная форма с двумя «н» (от «фон Берен») была бы логичнее. Сегодня это редкая фамилия, её носители — потомки тех, кто когда-то принёс в украинские степи немецкое имя и место, а местный язык перекроил его по своим законам.