Фамилия Фонаберова — редкий случай, когда корень слова не просто затемнён, а почти наверняка иноязычный. В русской ономастике нет славянской основы «фонабер-», и суффикс «-ов» здесь лишь грамматический оформитель, указывающий на принадлежность. Сама основа, скорее всего, восходит к тюркскому или арабскому имени или прозвищу через посредничество татарского или башкирского языков.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с арабским словом «фунабāр» (فنابر), означающим «мех», «пушнина», или с близким по звучанию «фанбар» — «соболиный мех». В тюркских языках, особенно в казанско-татарском, это слово могло трансформироваться в «фонабер» или «фунабер» и обозначать торговца мехами, скорняка или человека, который занимался выделкой шкур. Таким образом, прозвище Фонабер — это профессиональное именование, которое дали предку-меховщику.

Модель образования фамилии типична для русского Поволжья и Приуралья, где в XVII–XIX веках активно шёл процесс русификации нерусских фамилий. К основе «Фонабер» добавили патронимический суффикс «-ов», а женская форма «Фонаберова» возникла как вариант для замужней женщины или вдовы. Встречается фамилия в основном в Татарстане, Башкортостане и соседних областях, что подтверждает её региональную привязку.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) «Фонаберова» не фигурирует — это локальный антропоним, не попавший в общероссийские списки. Спорных версий немного: иногда корень пытаются вывести из греческого «фонарь» (светильник) или немецкого «Fohn» (ветер), но эти гипотезы слабы, так как не объясняют суффикс «-абер» и не имеют исторической опоры в русском быту.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителей фамилии — не дворяне и не духовенство, а скорее ремесленники-скорняки или мелкие торговцы из татарской или башкирской среды, которые со временем перешли на русский язык и фамильную форму. Фамилия осталась редкой, но сохранила память о старом промысле, который в Поволжье был широко распространён.