Фамилия Фантушева образована от имени Фантуш — диалектной, простонародной формы крестильного мужского имени Фантей или Фантин. В переводе с латыни оно означает «ребенок, детский». В православных святцах это имя прославлено дважды: праведный Фантин чудотворец почитается 6 августа, а преподобный Фантин Солунский — 12 сентября. Именно в честь одного из этих святых, скорее всего, и был крещен родоначальник семьи.

Имя Фантей в народной среде звучало непривычно для русского уха, поэтому его переделывали на более удобный лад. Так появился Фантуш — с характерным для народной этимологии суффиксом -уш-, который придавал имени ласкательный или обиходный оттенок. Подобные формы были типичны для крестьянской и рабочей среды, где церковные имена часто «обкатывались» до простых и привычных звучаний. Поэтому основатель рода Фантушевых, по всей вероятности, был выходцем именно из этих сословий, а не из дворянской или купеческой элиты.

Суффикс -уш- в основе, а затем и фамильный суффикс -ев указывают на модель образования, характерную для русских фамилий от неканонических, обиходных форм имен. Фантушев — буквально «сын Фантуша», то есть потомок человека, которого в быту звали Фантуш. Со временем это отчество закрепилось как фамилия, а женская форма Фантушева стала использоваться для женщин рода.

Существует и менее вероятная версия, связывающая имя Фантуш с греческим именем Нифонт, которое переводится как «трезвый, рассудительный». Сторонники этой гипотезы предполагают, что форма Нифант могла потерять начальный слог и превратиться в Фанта, а затем и в Фантуша. Однако эта цепочка выглядит натянутой: слишком много фонетических изменений нужно допустить, чтобы получить из Нифанта Фантуша. Гораздо логичнее выводить имя напрямую из Фантея или Фантина, где замена конечного звука и добавление суффикса -уш- — естественный шаг народного словообразования.