Фамилия Фарганов — одна из тех, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Если отбросить окончание, остаётся корень «Фарган». Это слово напрямую отсылает к географическому названию — Фергана. Речь не о городе, а о целой исторической области в Средней Азии, Ферганской долине. В русском языке название долины закрепилось через форму «Фергана», но в тюркских наречиях, особенно у казахов, башкир или татар, оно могло звучать как «Фарган» (с заменой «е» на «а» и твёрдым «г»).

Таким образом, Фарганов — это типичный «географический» вариант фамилии. Предка, который получил это прозвище, могли называть «Фарган» по месту его происхождения: выходец из Ферганы. В русской среде к такому прозвищу добавили патронимический суффикс -ов, превратив его в фамилию. Встречается и другая, менее вероятная версия: от тюркского личного имени Фарган, которое могло быть образовано от того же топонима.

В отличие от фамилий на -ин, модель на -ов характерна для большинства русских фамилий, образованных от основ на согласный. Поэтому «Фарганов» звучит по-русски, хотя корень явно восточный. Скорее всего, фамилия встречается у потомков татар, башкир или казахов, которые в XVIII–XIX веках переселялись в центральные губернии России и получали фамилии по привычной русской модели. В документах XIX века её могли записывать и как Ферганов, но написание через «а» — Фарганов — более точно передаёт тюркское произношение.

Фамилия редкая, не входит в список сотен самых распространённых. Её носители, вероятно, происходят из среды торговцев, ремесленников или служилых людей, которые когда-то покинули Ферганскую долину и осели в Поволжье или на Урале.