Фамилия Фарганова — один из тех случаев, когда географическая привязка лежит на поверхности, но требует оговорок. Основа здесь — «Фарган-», и первое, что приходит в голову, — город Фергана в Узбекистане. Однако писать фамилию через «а» (Фарганов, а не Ферганов) — не ошибка, а скорее указание на конкретный диалектный или исторический вариант произношения. В русской традиции топонимы нередко адаптировались на слух: так, житель Ферганы мог в документах записаться как Фарганов, если писарь фиксировал говор.

Но есть и вторая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть не от названия города, а от прозвища или доисламского имени. В тюркских языках (особенно в карачаево-балкарском, кумыкском) встречается личное имя Фарган, которое, в свою очередь, возводят к древнеиранскому корню со значением «счастье» или «удача». В этом случае Фарганова — типичная русская патронимическая фамилия, образованная с помощью суффикса -ов: «дочь (или жена) Фаргана». Суффикс -а указывает на женскую форму, но сама фамилия, разумеется, склоняется по общим правилам.

Суффиксальная модель простая: к основе на твёрдый согласный добавили -ов. Это самая распространённая модель для русских фамилий, поэтому Фарганова могла появиться и в среде крещёных татар, и у русских, живших в Средней Азии, и у народов Кавказа, где имя Фарган бытовало как мужское. В любом случае, перед нами не случайная описка, а осмысленное слово, которое могло значить либо «приезжая из Ферганы», либо «потомок человека по имени Фарган».

Встречаемость фамилии невысокая, и в дореволюционных справочниках она почти не фиксируется — это говорит о позднем оформлении (скорее всего, в XIX — начале XX века). Сословно носители могли быть крестьянами или мещанами, а в южных регионах — казаками или торговцами. Сейчас Фарганова встречается преимущественно в Поволжье, на Северном Кавказе и в Средней Азии среди русскоязычного населения.