Фамилия Фархтин — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти безошибочно. В основе лежит топоним Фархт — так называется один из аулов в исторической Чечне, в горной части республики. Суффикс -ин в русских фамилиях традиционно указывает на принадлежность: чей? — Фархтин, то есть «выходец из Фархта». Такая модель типична для фамилий, возникших у народов Кавказа при переходе на русское делопроизводство в XIX — начале XX века: вместо родового имени или тейпа человека записывали по месту рождения.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским корнем «фарх» (радость, веселье) или тюркским «фарх» (гордость, достоинство). Однако против этого говорит суффикс: если бы фамилия образовалась от личного прозвища Фарх, она скорее получила бы окончание -ов (Фархов) или -ев. -Ин в данном случае почти наверняка привязан к названию селения, а не к имени.

Основная масса носителей фамилии Фархтин — чеченцы, причём фамилия нечастотная и локальная. Встречается также у представителей других народов Кавказа, но как вторичное заимствование. В дореволюционных метрических книгах и списках переселенцев фамилия фиксируется с середины XIX века, когда горцев начали массово привлекать на военную службу и переселять на равнину — тогда и закрепилась форма с русским патронимическим суффиксом.

С точки зрения словообразования фамилия простая: корень Фархт- плюс окончание -ин. Ударение, скорее всего, на первый слог — Фа́рхтин, хотя в устной речи встречается и вариант на последний. Двойного написания или вариантов с другими суффиксами (вроде Фархтов) в источниках не зафиксировано — это дополнительный аргумент в пользу топонимической версии: название аула дало единственную устойчивую форму.