Фамилия Фавстина — редкий случай, когда в основе лежит не мужское, а женское крестильное имя. Родоначальницей могла быть женщина по имени Фавста, что в переводе с латыни означает «счастливая». Такое имя давали девочкам в раннехристианскую эпоху, и за ним стоит конкретная историческая фигура — святая мученица Фавста, девица из города Кизика. Она пострадала за веру в начале IV века, в период гонений императора Диоклитиана, вместе с жрецом Евиласием и епархом Максимом. Эта мученица почитается и в православной, и в католической традиции, что делало имя Фавста известным на значительной территории.

Словообразовательная модель здесь необычна. Если большинство русских фамилий от женских имён образуется через суффикс -ин (например, Марьин, Татьянин), то Фавстина — это форма, которая совпадает с самим именем. Скорее всего, перед нами не фамилия в привычном смысле, а отчество, застывшее в родительном падеже: «чьих будете?» — «Фавстины». То есть глава семьи, сын или дочь Фавсты, получал прозвание Фавстин, а его потомки уже писались как Фавстины. Такая модель встречается в южнорусских и украинских землях, где отчества от женских имён иногда вытесняли более привычные формы.

Процесс закрепления фамилии шёл долго, и точно сказать, где и когда это произошло, без генеалогических изысканий нельзя. Можно лишь предположить, что первоначально прозвище Фавстина давали человеку, который находился под опекой или в прямом родстве с женщиной по имени Фавста — например, внебрачному сыну, воспитаннику или младшему родственнику, которого воспитывала тётка или бабушка. В крестьянской среде, где фамилии массово закрепились лишь к XIX веку, такое прозвание могло закрепиться за целым родом, если мать-одиночка или вдова была уважаемой главой семьи.

Само имя Фавста в русской традиции встречалось нечасто, поэтому и фамилия осталась редкой. В отличие от распространённых Ивановых или Петровых, Фавстины не образуют больших родовых гнёзд. Это скорее точечные следы, разбросанные по разным губерниям. Встречаются также родственные формы — Фавстов, Фавсткин, но Фавстина выделяется именно своей архаичной отчественной структурой, которая сохранила память о конкретной женщине-предке.