Фамилия Файзуллов — тюркская по происхождению, но прочно вошедшая в русский именник через татарскую и башкирскую традиции. Её основа — арабское мужское имя Файзулла (вариант Файзуллах), которое в исламском мире означает «щедрость Аллаха» или «милость Божья». Это теофорное имя, то есть содержащее в себе отсылку к Богу: «файз» (изобилие, щедрость, благодать) + «Аллах». В тюркской среде, особенно у волго-уральских татар и башкир, такие имена были распространены с принятием ислама, и со временем они легли в основу фамилий.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русификации: к имени Файзулла добавили русский патронимический суффикс -ов. При этом произошло стяжение: конечная гласная «а» в имени отпала, и получилась форма Файзуллов. Это не «Файзуллаев», а именно «Файзуллов» — более короткий и адаптированный к русской грамматике вариант. Такая модель (отсечение последнего гласного основы) характерна для многих фамилий татарского происхождения, например, Абдуллов, Исмагиллов.

В дореволюционной России носители фамилии Файзуллов относились в основном к сословию государственных или удельных крестьян, реже — к торговцам и духовенству. У татар и башкир фамилии на -ов закрепились поздно, в основном после переписей XIX века, поэтому Файзуллов — фамилия сравнительно молодая в документальном смысле, хотя само имя Файзулла известно с глубокой древности. Географически фамилия чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в среде татарской диаспоры в Средней Азии.

Встречается и вариант написания через двойное «л» — Файзуллов, что связано с особенностями передачи татарской фонетики (удвоение согласного на стыке корня и суффикса). Оба написания корректны, но более частотна форма с одной «л» в середине и двумя на конце. Сравните с однокоренными фамилиями: Файзуллин — образован по другой модели, с суффиксом -ин, который в тюркских фамилиях тоже распространён, но у Файзуллова основа имени осталась без дополнительного наращения, что и даёт разницу в звучании.