Фамилия Фазилжонов — одна из тех, что прямо указывает на тюрко-исламские корни и родословную, уходящую в Среднюю Азию. Её основа — мужское имя Фазилжон, которое в свою очередь представляет собой двусоставную конструкцию: «Фазил» (от арабского fāḍil — «учёный», «знающий», «добродетельный») и «жон» (персидское jān — «душа», «жизнь»). В тюркских языках, особенно в узбекском и таджикском, «жон» часто добавляется к именам как ласкательный или почтительный компонент, усиливая значение: «благородная душа» или «живущий добродетельно». Таким образом, Фазилжон — это не просто имя, а пожелание или характеристика человека, сочетающего мудрость и душевную чистоту.

Суффикс -ов в фамилии — классический русский патронимический формант, который в XIX–XX веках массово добавляли к тюркским и персидским именам при русификации документов на территориях Российской империи и СССР. В отличие от собственно русских фамилий, где -ов означает «сын такого-то» (например, Иванов — сын Ивана), здесь он выполняет ту же функцию, но прикрепляется к уже готовому составному имени. То есть Фазилжонов — буквально «сын Фазилжона». Эта модель типична для узбекских, таджикских и казахских фамилий, которые были стандартизированы в советское время.

Географически фамилия Фазилжонов тяготеет к Узбекистану, особенно к Ферганской долине, где традиция давать детям имена с компонентом «жон» особенно распространена. В Таджикистане аналогичная фамилия звучала бы как Фазилджонов (с твёрдым «дж»), а в арабоязычных странах — без суффикса, просто Фазил. Написание через «з» (а не через «с») — верное, так как арабская буква ض (дад) передаётся в русском языке как «з» в заимствованиях через тюркское посредничество. Встречаются искажённые варианты вроде Фазилжанов или Фазильжонов, но исходная форма с «з» и «о» после «ж» — единственно правильная с точки зрения этимологии.

Интересно, что фамилия Фазилжонов не является ни древней, ни аристократической — она возникла не ранее начала XX века, когда в Средней Азии начали массово фиксировать фамилии по отцу. До этого люди обходились личным именем и названием рода или места. Поэтому носители этой фамилии — потомки людей, чьих отцов звали Фазилжон, и, скорее всего, их предки были из числа оседлых земледельцев, ремесленников или торговцев, а не кочевых скотоводов. В советских архивах фамилия встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости даже в регионе происхождения.