Фамилия Фазлиддинов — одна из тех, что прямо указывает на мусульманскую культурную традицию и арабское происхождение основы. Её ядро — составное арабское имя Фазлиддин (Фазл-ад-дин), где «фазл» означает «милость, щедрость, достоинство», а «дин» — «вера, религия». В целом имя переводится как «милость веры», «достоинство религии». Это теофорное имя, прославляющее Бога через религиозное понятие.

Русский суффикс -ов присоединился к основе Фазлиддин по стандартной модели, принятой для тюркских и мусульманских имён в Российской империи. Такой способ русификации фамилий был массовым в XIX — начале XX века: к имени отца добавляли окончание, превращая его в притяжательное прилагательное. Фазлиддинов буквально означает «сын Фазлиддина», «принадлежащий роду Фазлиддина». Исходное имя Фазлиддин известно в разных вариантах написания — Фазлиддин, Фазлитдин, Фазлетдин, что связано с особенностями арабской графики и диалектным произношением.

Географически фамилия Фазлиддинов характерна для народов, исповедующих ислам и живущих на территории бывшего СССР: татар, башкир, азербайджанцев, народов Кавказа и Средней Азии. Встречается она и среди таджиков, и среди узбеков, где форма Фазлиддинов может конкурировать с местными патронимами (например, Фазлиддинович или Фазлиддинзода). В русских документах фамилия закрепилась именно в форме на -ов, так как для записи в метриках и переписях требовали именно такой стандарт.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от простых имён (Иванов, Петров), здесь мы видим сложное двухкорневое имя, что указывает на высокий статус предка — носитель такого имени в мусульманской среде обычно был человеком образованным, возможно, духовного звания или из уважаемого рода. Встречаются варианты написания с одной «д» (Фазлидинов) или с «т» (Фазлитдинов), но корень остаётся тем же. Фамилия редкая, поэтому её носители часто могут проследить свою родословную до конкретного предка, носившего имя Фазлиддин.