Фамилия Фелисион — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение уводит нас не в крестьянскую или боярскую среду, а в круг людей, связанных с книгой и церковью. Основа фамилии — латинское слово felix, что значит «счастливый», «благополучный». От него образовано множество имён и прозвищ в европейских языках, в том числе Феликс. Но в русской традиции фамилия Фелисион, скорее всего, ведёт начало не напрямую от латинского корня, а от семинарского или искусственного имени, которое давали воспитанникам духовных училищ.

В XVIII–XIX веках в семинариях было принято заменять исконно русские фамилии учеников на «благозвучные» латинизированные или грецизированные варианты. Фамилия Фелисион могла возникнуть как производное от имени Феликс с добавлением суффикса -ион, характерного для книжных, «учёных» фамилий (сравните: Аполлонов — Аполлонион, Платонов — Платонион). Такая модель часто использовалась, чтобы подчеркнуть принадлежность к интеллектуальной или церковной элите, а не к простому сословию. Таким образом, предок носителя фамилии Фелисион с высокой вероятностью был либо семинаристом, получившим новую фамилию при поступлении, либо священником, взявшим себе звучное прозвище по имени святого.

Другая, менее вероятная версия — что фамилия образована напрямую от латинского felicitas («счастье», «благоденствие») через форму Felicio. В таком случае Фелисион — это русифицированная версия западноевропейской фамилии, которую мог принести в Россию иностранец, например, врач, аптекарь или учитель. Но учитывая, что в русских архивах и справочниках фамилия Фелисион почти не встречается, а её структура (суффикс -ион) типична именно для семинарской среды, первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону — она могла появиться в любой епархии, где работала семинария. Носители Фелисиона, как правило, были людьми грамотными, часто — священнослужителями или учителями. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, эта фамилия сохраняет оттенок книжности и указывает на то, что её обладатель происходит из среды, где ценили латынь и классическое образование.