Фамилия Фенот — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «фенот», нет и распространённого прозвища с таким звучанием. Это сразу указывает на иноязычное происхождение, причём, скорее всего, позднее — фамилия могла войти в обиход в XIX–XX веках.

Самый вероятный путь — немецкий или еврейский (ашкеназский) след. В немецком языке есть слово «Phänotyp» (фенотип) — научный термин из биологии, обозначающий совокупность внешних признаков организма. Но фамилией он мог стать лишь в исключительном случае: если предок был учёным, учителем естествознания или получил прозвище за характерную внешность. Однако куда правдоподобнее, что фамилия восходит к топониму. В Германии существует несколько населённых пунктов с названием Фенот (Fenot) или близким к нему, например, в земле Северный Рейн-Вестфалия. Тогда носитель фамилии — выходец из этих мест, и фамилия закрепилась за ним при переселении в Российскую империю.

Вторая версия — французское происхождение. Во Франции встречается фамилия Fénot (с ударением на последний слог), образованная от личного имени Féni или от старофранцузского «fen» (сено). Русское написание «Фенот» могло возникнуть при адаптации французского звучания. Эта версия слабее, так как французских колонистов в России было немного, и фамилии такого типа обычно сохраняют букву «é» или удвоение.

Что касается суффикса — в фамилии Фенот нет типичного русского окончания (-ов, -ин, -ский). Это так называемая «голая» основа, характерная для фамилий, которые пришли в готовом виде из другого языка и не подверглись русификации. Такие фамилии встречаются у обрусевших немцев, поляков, евреев. В польском языке, кстати, есть фамилия Fenot, но она тоже редкая и, скорее всего, заимствованная.

Поскольку фамилия нераспространённая и не имеет очевидного ремесленного или прозвищного корня в русском языке, её носителям стоит обратить внимание на семейные предания о происхождении предков из немецких колоний Поволжья или Причерноморья, а также на возможные изменения написания при записи в метрические книги (например, изначально могло быть «Фенотт» или «Фено»). Устойчивой географической привязки внутри России для этой фамилии нет — она встречается единично в разных регионах, что подтверждает её недавнее и случайное появление в русском ономастиконе.