Фамилия Фенухина — одна из тех, где корень неочевиден и вызывает споры. Её основа — «Фенух» — может восходить к двум разным источникам, и выбор между ними зависит от того, где жили первые носители.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с просторечной формой канонического имени Афиноген. В народе это имя упрощали до «Феноген», а от него образовали уменьшительные варианты — Феня, Фенюха. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Фенухин, то есть сын или потомок Фенуха. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или производных форм крестильных имён. Афиноген — имя греческого происхождения, означающее «рождённый от богини», но в быту оно давно потеряло сакральный смысл и превратилось в обычное прозвище.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с тюркским или арабским именем Фенух (вариант имени Фаннух), которое встречается у народов Поволжья и Кавказа. В этом случае фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или народов Дагестана, где её записали по русской модели с суффиксом -ин. Спор между версиями разрешается географией: если предки Фенухиных жили в центральных или северных губерниях России, скорее всего, корень — от Афиногена. Если же фамилия встречается в Татарстане или на Северном Кавказе — вероятно тюркское происхождение.

Сама фамилия редкая. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о позднем закреплении или малой численности рода. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что прозвище Фенуха было образовано от имени или характеристики, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный (в отличие от основ на твёрдый согласный, которые дают -ов). Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках.