Фамилия Филибойченко — один из тех редких случаев, когда ухо сразу цепляется за необычное сочетание звуков. На слух она кажется или украинской, или польской, и оба предположения верны, но по-своему.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, типичный для восточной Украины) наращен на основу Филибойч-. Эта основа, в свою очередь, — уже готовое прозвище или фамилия с суффиксом -ойч- (вариант -ович в польской или белорусской огласовке). То есть перед нами «вложенный» патроним: сначала отца звали Филибой, потом его сына записали как Филибойч (Филибойович), а уже внук стал Филибойченко («внук Филибоя»).

Корень фамилии — Фили- — это усечение от имени Филипп (греч. «любящий коней»). В украинской и польской народной традиции имя легко сокращалось: Филя, Филип, Филимон. А вот вторая часть — -бой — указывает на прозвище. Скорее всего, Филибой — это человек, который «бьёт Филиппа» или «бьётся как Филипп». Однако в живом языке «Филибой» могло означать задиру, драчуна, сварливого человека. Есть и более редкая версия: «филибой» как прозвище человека, который работает на маслобойне (филипповская бойня?), но она менее убедительна, так как слово не зафиксировано в ремёслах.

Географически фамилия тяготеет к западу Украины и юго-востоку Польши — именно там встречаются двойные патронимы на -ойч- и -енко. В ревизских сказках XIX века носители Филибойченко встречаются в Подольской губернии, особенно в окрестностях Винницы и Брацлава. Это были преимущественно казаки и государственные крестьяне, а не шляхта — суффикс -енко в те времена был маркером простонародья, в отличие от польского -ович, который давал более высокий статус.

Таким образом, если вы носите фамилию Филибойченко, ваши предки, скорее всего, были украинскими или украинизированными польскими крестьянами из Подолья или Волыни, а родоначальника звали Филипп, но в народе он заслужил прозвище за буйный нрав или любовь к дракам.