Фамилию Филиенко стоит разбирать с суффикса: -енко. В украинской и южнорусской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых. Он указывает на происхождение по отцу: буквально «сын», «потомок», «маленький». Филиенко — это «сын Филии» или «маленький Филя». Но что стоит в основе?

Здесь возможны два пути, и второй правдоподобнее. Первый: основа «Филя» — это краткая разговорная форма от канонического имени Филипп (с греческого «любящий коней»). От Филь образовано множество фамилий: Филин, Филькин, Филенко, Филяев. Филиенко — та же модель, но с характерным для украинской традиции суффиксом -енко. Второй, более редкий вариант: основа могла восходить к прозвищу Филя, которое в некоторых говорах означало «простак», «простофиля» или даже «филин» (ночная птица). В словаре В. Даля «филя» — это «простак, разиня», и прозвище такого рода могло закрепиться за человеком с соответствующим характером.

Фамилия Филиенко — однозначно украинского происхождения, с территории Левобережной Украины (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина), где суффикс -енко стал основным способом образования фамилий в XVII–XVIII веках. В метрических книгах и реестрах казацкой старшины такие фамилии фиксировались массово. Филиенко — не дворянская фамилия, а типичная фамилия крестьянской или казацкой среды, которая со временем закрепилась как наследственная.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Филенко или Филин, где корень «Фил» читается однозначно, написание Филиенко с двумя «и» (Фили-енко) сохраняет связь с полной формой имени Филя, а не с сокращением. Это редкий случай, когда суффикс не сжимает основу, а оставляет её почти нетронутой. Такая орфография встречается в основном у носителей, чьи предки были грамотными писарями или священниками, фиксировавшими фамилию «по буквам», а не на слух.

Сословная принадлежность предков Филиенко — вероятнее всего, казаки или государственные крестьяне. В списках казацких полков XVIII века встречаются однофамильцы с такой фамилией, но массовых данных нет. Фамилия не относится к числу распространённых, что делает её интересной для локальной истории: в каждом конкретном случае Филиенко — это след конкретного рода, а не массовой модели.