Фамилия Филицкий — редкий пример, где за внешне простой формой скрывается сразу несколько возможных корней. Основная версия ведет к греческому имени Филипп (от φίλιππος — «любящий коней»), но не напрямую, а через народные производные. В русских говорах имя Филипп часто сокращали до Фили, Филя, отсюда пошли фамилии Филин, Филичев, Филимонов. Филицкий мог возникнуть от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением: -ицк- характерен для фамилий, образованных от географических названий (как Троицкий от Троицк). В таком случае Филицкий — это человек из населённого пункта вроде Филицы или Филицыно. Такие деревни действительно встречаются в западных областях России, особенно на бывших польских и литовских землях, где суффикс -ицк- распространён шире.

Вторая версия, не менее правдоподобная, отсылает к польской фамилии Filicki. В польском языке -icki — типичный суффикс для шляхетских фамилий, образованных от названий поместий (например, Замойский от Замостье). Filicki могла возникнуть от названия села Filice или от имени Filip через ту же модель. В XIX веке, после разделов Речи Посполитой, многие поляки переселялись вглубь Российской империи, и их фамилии русифицировались — так Filicki превращался в Филицкий. Подтверждение этому — данные переписей: фамилия Филицкий чаще встречается в западных губерниях (Могилёвская, Витебская, Гродненская) и на Украине, чем в центральной России.

Третья, более спорная версия, связывает фамилию с прозвищем от диалектного слова «филица» — так в некоторых говорах называли филина или сову. Прозвища по птицам давали за внешность (большие глаза, круглое лицо) или за манеру поведения (ночной образ жизни, нелюдимость). Но эта гипотеза слабая: слово «филица» не зафиксировано в основных диалектных словарях как устойчивое, и фамилий от него практически нет.

Что касается социального происхождения: носители фамилии Филицкий не принадлежали к высшей аристократии (среди них нет известных дворянских родов), но могли быть как крестьянами, так и мещанами или духовенством. Суффикс -цк- в русских фамилиях иногда давали семинаристам при поступлении в училище — как облагораживающий элемент, отрывающий от простонародных «Филиппов» и «Филиных». Поэтому не исключено, что первый Филицкий — это сын священника или дьячка, получивший фамилию по месту службы или по имени отца в книжной форме.