Фамилия Филимошкина восходит к имени Филимошка. Это уменьшительная форма церковного мужского имени Филимон. Оно пришло в русский язык из древнегреческого и образовано от глагола «phileo», что значит «любить». Скорее всего, основатель рода Филимошкиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Филимошка, со временем получил фамилию Филимошкина.