Фамилия Филимошкина образована от уменьшительной формы старинного русского имени Филимошка. В основе лежит церковное имя Филимон, которое пришло на Русь вместе с христианством из Византии. Древнегреческое слово «phileo» означает «любить», поэтому имя Филимон в переводе — «любящий», «милый». Филимошка — это не официальная, а домашняя, обиходная форма имени, которую использовали в повседневной жизни, в кругу семьи и соседей.

Такая модель образования фамилии — от просторечной, «уменьшительной» формы имени — характерна для простых сословий. Крестьяне и посадские люди вплоть до XIX века часто носили в документах не полное имя, а его обиходный вариант. Поэтому можно уверенно говорить: основатель рода Филимошкиных был человеком незнатного происхождения, выходцем из крестьянской или мещанской среды. Его в официальных бумагах могли записать как Филимошку, а его дети и внуки, отвечая на вопрос «чьи вы будете?», говорили: «Филимошкины». Так закрепилось отчество, которое со временем превратилось в фамилию.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность конкретному лицу: Филимошкина означает «дочь (или жена) Филимошки». В русской традиции фамилии с этим суффиксом чаще всего возникали именно на севере и в центральных областях России, где была распространена такая словообразовательная модель. Любопытно, что форма Филимошкина — женская, но в современном употреблении она сохраняется за женщинами, тогда как мужчины носят вариант Филимошкин. Оба варианта происходят от одного корня и несут одинаковую смысловую нагрузку.

Стоит отметить, что имя Филимон в народной среде было довольно популярным, но его уменьшительные формы дали жизнь целому ряду родственных фамилий: Филимонов, Филимонихин, Филимошин. Фамилия Филимошкина выделяется среди них именно тем, что сохранила в себе ласкательный, почти домашний оттенок исходного имени. Это делает её особенно тёплой и колоритной — она словно передаёт привет из тех времён, когда человека звали не по паспорту, а по-свойски, по-семейному.