Фамилия Филиппчёнкова — это женская форма от Филиппчёнков, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. Перед нами классическая русская фамилия, образованная от имени Филипп (греч. «любящий коней») с помощью редкого и выразительного суффикса -чёнков. В отличие от массовых -ов/-ев, этот суффикс указывает на происхождение от прозвища или отчества, построенного по модели «чей сын?» — Филиппчёнок, то есть «маленький Филипп» или «сын Филиппа». Такая словообразовательная цепочка (Филипп → Филиппок/Филиппчёнок → Филиппчёнков) типична для северных и центральных губерний России, где уменьшительные формы с суффиксом -ёнок/-онок часто становились основой для фамилий.

Интересно, что в написании фамилии сохранилось удвоенное «пп» — верный признак того, что имя-основа не утратило связи с церковной традицией. Филипп — имя апостола и нескольких святых, поэтому в крестьянской среде оно было частым, но в фамилиях часто «теряло» одну букву (Филипов, Филипович). Филиппчёнков же — случай, когда письменная фиксация имени оказалась точной, что может говорить о грамотности первого носителя или о позднем оформлении фамилии (уже после реформ письменности).

Географически фамилия встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, но чаще всего фиксируется в Смоленской, Псковской и Тверской областях — именно на этих территориях суффикс -чёнков был особенно продуктивен. Носитель фамилии мог быть потомком человека, которого в деревне звали Филиппчёнок — вероятно, младшего сына Филиппа, подростка или подпаска. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описываются как «патронимы на -ёнок, характерные для западнорусских говоров».

Двойная «п» в корне иногда вводит в заблуждение: при склонении фамилии (Филиппчёнковой, Филиппчёнкову) ударение падает на второй слог — на «ё». Это ещё один маркер, что перед нами не иноязычное заимствование, а именно русская народная форма. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или мещанами из западной части России, а их родоначальник — простым человеком, которого в обиходе звали уменьшительным именем, а не полным Филиппом.