Фамилия Филобокова — женская форма от Филобоков, и это тот случай, когда основа фамилии звучит как застывшая фраза. Первая часть, «Фило-», с большой вероятностью восходит к греческому корню «филео» — любить. В русских фамилиях этот элемент встречается в семинарских «говорящих» фамилиях, которые давали будущим священникам в духовных училищах: Философов, Филаретов, Филофейский. Здесь же он соединился со словом «бок» — часть тела. Получается «любящий бок», то есть, скорее всего, лежебока, человек, который любит полежать на боку.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный для южнорусских говоров: «филя» или «фил» — просторечное, пренебрежительное имя от Филат или Филимон, а «бок» — прозвище по физической особенности или манере лежать. Но поскольку «филя» в чистом виде дало бы фамилию Филов или Филин, а составная форма с отглагольным оттенком «любить» («фило») прямо указывает на искусственное книжное происхождение. Именно эта версия — основная.

Суффикс «-ов» в мужской форме указывает на принадлежность: «чей?» — Филобоков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Филобок. Фамилия редкая, не крестьянская и не боярская, а типичная для духовного сословия XIX века. Семинаристам нередко давали фамилии с лёгкой иронией или по характерной черте: Лентяев, Безобразов, Филобоков. Носитель фамилии мог быть учеником, который любил поспать, или же получил прозвище за медлительность.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных она фиксируется точечно, без привязки к какому-то одному региону, что тоже подтверждает её искусственное, не массовое происхождение. Если искать однокоренные, то ближе всего фамилия Лентяев или Лежебоков — того же семинарского «сорта». Филобокова — это не про географию, а про характер: в основе лежит шутливое прозвище, которое стало официальной фамилией будущего священнослужителя.