Фамилия Филозофенко — яркий пример того, как народная этимология перекроила книжное слово на украинский лад. В её основе лежит не имя, а понятие «философ», но с характерной южнорусской заменой «фи» на «фило» (сравните: филозоф вместо философ). Это прозвище давали человеку за склонность к долгим размышлениям, учёным беседам или, напротив, с иронией — тому, кто любил рассуждать о высоком, но в быту был непрактичен.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Филозофенко — это «сын Философа». Модель образования фамилии говорит о том, что предок носителя получил прозвище Филозоф (или Философ), а его дети и внуки закрепили его как родовое имя. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных имён, украинские фамилии на -енко активно возникали именно от прозвищ, описывающих характер или занятие человека.

Интересно, что в старых документах встречаются варианты написания: Философенко, Философенков, а также Филозофенко. Последний вариант — наиболее живой, отражающий реальное произношение в диалектах, где «фи» переходило в «хве» или «фило». Географически фамилия тяготеет к Левобережной Украине — Полтавщине, Черниговщине, Слобожанщине. В переписях XIX века носители фамилии фиксировались среди казаков и мещан, реже — среди крестьян, что косвенно указывает на относительно грамотную среду: дать прозвище «Философ» могли скорее в среде, где ценилась учёность или хотя бы её видимость.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что её основа — не календарное имя и не профессия, а отвлечённое понятие. В русском ономастиконе Б. Унбегауна упоминается фамилия Философов, но Филозофенко стоит особняком именно из-за регионального фонетического облика и суффикса. Это не дворянская фамилия (у дворян были бы Философовы), а народная, демократическая, рождённая в среде, где прозвище могло быть как лестным, так и насмешливым.