Фамилия Филозоф — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы. В основе лежит слово «философ», но в старом, дореформенном написании через «фита» (Ѳ). До 1918 года слово «философ» писалось через букву «фита» — Ѳилософъ. Отсюда и фамилия: не Философ, а именно Филозоф, с буквой «з», которая в русском языке передавала звук, обозначавшийся фитой в заимствованиях из греческого.

Такая фамилия могла возникнуть в нескольких сценариях. Первый и самый прямой — прозвище Филозоф дали человеку книжному, склонному к размышлениям или учёности, возможно, учителю, семинаристу или просто грамотею в деревне. Прозвища по интеллектуальным качествам встречались нечасто, но фиксировались: «философом» в народе могли иронично назвать и того, кто любил мудрёные рассуждения, и человека с задумчивым видом.

Второй, менее очевидный путь — фамилия могла возникнуть в духовной среде. В семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали «искусственные» фамилии по названиям наук, добродетелей или отвлечённых понятий. Филозоф — один из таких вариантов, наряду с Грамматиным, Риторицким или Богословским. Семинаристу могли присвоить фамилию Филозоф как напоминание о курсе философии или в честь античных мыслителей.

Географически фамилия встречается в основном на юге России и Украине, а также среди старообрядцев, которые дольше сохраняли дореформенное написание. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Филозо́ф, хотя в русском языке слово «фи́лософ» имеет ударение на первый слог; фамилия сохранила греческий акцент.

Поскольку фамилия образована без суффикса (чистая основа), она не указывает на принадлежность отцу или роду, а прямо характеризует самого первого носителя. Это редкий тип русских фамилий — «прозвищный», без патронимического оформления. Встречаются также варианты Филозофов и Филозофский, но исходная форма Филозоф — самая старая и точная.