Фамилия Философ — редкий случай, когда прозвище, а затем и фамилия, произошли не от ремесла или внешности, а от учебного заведения. В старину так называли ученика духовной семинарии, который проходил класс философии — среднюю ступень обучения после риторики и перед богословием. Само слово «философ» древнегреческое, в буквальном переводе — «любомудр, любитель мудрости». Любопытно, что термин «философ» старше термина «философия»: изначально он обозначал образованного человека вообще, и только потом закрепился за теми, кто профессионально занимался мудростью. В античности это слово впервые употребил Пифагор, который не без скромности отказался называть себя мудрецом, оставив себе звание лишь «любителя мудрости».

Происхождение фамилии — искусственное, то есть она не вырастала естественно из бытового прозвища, а закреплялась за семинаристами по названию их учебного класса. Такая модель типична для духовного сословия: аналогично возникали фамилии Грамматин, Риторин или Богословский. Однако у рода Философов есть и другая, более древняя ветвь предания. Согласно ей, основателем рода считается некий Марк Философ, приехавший из Македонии на Русь во времена Владимира Святого. Эта версия уходит в глубину веков, но проверить её сложно: слишком мало письменных источников сохранилось от той эпохи.

Словообразовательная модель здесь необычна. Фамилия осталась в форме чистого прозвища, без привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на позднее оформление, когда прозвище закрепилось за родом без изменений. Для сравнения: от нарицательного «роза» возникала фамилия Розов, а не Розин, хотя по правилам русского языка суффикс -ов присоединяется только к словам мужского рода. В случае с Философом такой проблемы не возникло — слово мужского рода, поэтому фамилия сохранила исходную форму.

Процесс формирования русских фамилий был длительным и неравномерным в разных сословиях. Поэтому точно определить время и место происхождения рода Философов можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, а не только лингвистического анализа. Ясно одно: носитель этой фамилии мог происходить либо из духовного сословия, где такие прозвища были в ходу, либо из семьи, где высоко ценили учёность и хотели подчеркнуть её в родовом имени.