Фамилия Филушкина — женская форма, а её мужской вариант — Филушкин. Оба образованы от имени или прозвища, а не от географического названия или профессии. Основа здесь — Филушка, уменьшительная форма одного из крестильных имён.

Чаще всего Филушкой в быту называли Филиппа. Имя Филипп (греч. «любящий коней») было распространено на Руси, и его сокращали по-разному: Филя, Филипка, Филушка. Суффикс -ушк- в данном случае не просто ласкательный, а указывает на обиходную, «домашнюю» форму имени. Так могли звать ребёнка, младшего члена семьи или человека, с которым были в близких, неофициальных отношениях. От Филушки через притяжательный суффикс -ин и возникла фамилия Филушкин — буквально «сын Филушки» или «человек из дома Филушки».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с именем Феофил (греч. «боголюбивый»). Его уменьшительные формы тоже могли звучать как Филя или Филушка. Однако в народной среде имя Филипп встречалось намного чаще, чем Феофил, поэтому основная гипотеза — от Филиппа.

Фамилия Филушкин — не из самых частых, она тяготеет к северным и центральным регионам России, где были сильны традиции «уличных» фамилий на -ин. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков такие фамилии часто фиксировали за крестьянами и посадскими людьми. Сословно Филушкины в массе своей — не дворяне, а люди из податных сословий: их предок был просто Филушкой, сыном Филиппа, и фамилия закрепилась за его потомками без изменений.

Двойственное написание — через «и» или «ы» — в исторических документах встречается, но современная норма фиксирует вариант с «и»: Филушкин. Если ваши предки писались по-другому, это могло быть следствием местного говора или ошибки писаря.