Фамилия Филушкин — редкий случай, когда на стыке греческого имени и русского суффикса родилось прозвище, а затем и фамилия, в которой слышна и ласка, и ирония. Основа здесь — каноническое имя Филуша. В дореволюционной России это была не официальная, а народная, домашняя форма крестильного имени Филипп (от греческого «любящий коней»). Суффикс -уш- в имени Филуша — уменьшительно-ласкательный, как у Милуша, Ванюша. Но в фамилии Филушкин он приобрёл чуть иной оттенок.

Словообразовательная модель проста: к прозвищу Филушка (или к обиходному имени Филуша) добавили притяжательный суффикс -ин. Филушкин буквально означало «чей? — сын Филушки». Такой тип фамилий (на -ин) был особенно распространён в северных и центральных губерниях России, где от имён на -а/-я образовывали именно эту форму. Если бы фамилия произошла от полной формы Филипп, мы бы получили Филиппов. Выбор уменьшительной основы говорит о том, что предок носителя фамилии в быту звался не строгим Филиппом, а ласковым Филушкой — возможно, младшим в семье или человеком, к которому относились с теплотой.

Интересна региональная привязка. По данным переписей и метрических книг, фамилия Филушкин встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — на Русском Севере, где долго сохранялись архаичные говоры и где имя Филуша было особенно употребительно. Там же фиксируются однокоренные варианты: Филушин, Филушев, Филухин. Разница в суффиксах объясняется местными диалектными особенностями: где-то говорили «Филуха», где-то «Филуша». Филушкин — самый «ласковый» из этого ряда.

Споров о происхождении фамилии почти нет. Версия о связи с тюркским корнем или с глаголом «филушить» (якобы «шалить» или «хитрить») не подтверждается ни словарями русских говоров, ни ономастическими источниками. В говорах Севера слово «филушка» не зафиксировано как самостоятельное прозвище — оно всегда выступало как форма имени. Поэтому наиболее надёжное объяснение: Филушкин — это «сын Филушки», то есть потомок человека, которого в семье или в деревне звали уменьшительным от Филиппа. Никакой сложной этимологии, зато живая история о том, как в крестьянской среде имя превращалось в фамилию.