Фамилия Фильчушкин — один из тех случаев, когда разбор суффиксов говорит о происхождении больше, чем корень. Модель образования здесь трёхступенчатая: основа Фильч- плюс суффикс -ушк- (уменьшительно-ласкательный) плюс фамильный суффикс -ин. Такая цепочка — редкая и характерна для северных и центральных русских говоров, где прозвища с -ушк- особенно любили: Филя → Филька → Фильчушка. Именно от формы «Фильчушка» и пошла фамилия.

Корень Фильч- — это производное от имени Филя, народной формы канонического Филипп. В древнерусском языке Филипп через греческое Philippos («любящий коней») превратилось в просторечное Филя, а затем в уменьшительные варианты: Филька, Филюха, Фильчун. Суффикс -ушк- добавлял ласкательный оттенок: Фильчушка — «маленький Филя» или «Филя, которого любят». Получается, что Фильчушкин — буквально «сын Фильчушки», то есть потомок человека, которого в семье или в деревне звали ласково, по-домашнему.

В ономастике есть и другая версия: Фильчушкин могло образоваться не напрямую от имени, а от прозвища Фильчушка, которое давали невысокому или младшему члену рода. Но она менее вероятна — суффикс -ушк- в русских прозвищах почти всегда указывает на ласкательное обращение к имени, а не на характеристику внешности. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна подтверждает, что формы с -ушк- типичны именно для уменьшительных вариантов крестильных имён.

Географически фамилия редкая и локальная. По данным переписей, Фильчушкины встречаются в основном в бывших Псковской и Тверской губерниях, а также в Сибири — куда переселенцы из этих мест уходили в XIX веке. За пределами России фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем закреплении: скорее всего, в крестьянской среде она оформилась уже после отмены крепостного права, когда фамилии стали массово давать по отчеству или прозвищу главы семьи.

Сравните с однокоренными: Филькин, Фильчаков, Фильченков. У них другой суффиксальный ряд (-к-, -чак-, -енк-), но корень тот же. Фильчушкин выделяется редким сочетанием -ушк- + -ин, которое не даёт спутать его с украинскими или белорусскими аналогами. Если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка были русскими крестьянами из северо-западных областей, а имя родоначальника — Филипп, которого в быту звали ласково Фильчушкой.