Фамилия Фиофанова — женская форма от мужской Фиофанов. В русской фамильной системе суффикс -ов указывает на принадлежность: Фиофанов — буквально «сын Фиофана». Сама основа восходит к каноническому мужскому имени Феофан (в народном произношении — Фиофан), которое пришло на Русь из греческого языка и значит «богоявленный» (theos — бог, phaino — являю). Фамилия образована по самой распространённой модели, и её носительницей могла быть дочь, жена или вдова человека по прозвищу или имени Фиофан.

Интересная деталь: написание через «ио» — не ошибка, а отражение реального народного произношения. В церковной среде имя всегда произносили как Феофан, с ударением на втором слоге. В крестьянской и купеческой среде, где грамотность была низкой, имя легко переделывали на более привычный лад: Фиофан, Филат (из Феофилакт), Фетис (из Феодосий). Фамилии на -ов от таких форм закреплялись в документах так, как их слышали писцы. Поэтому Фиофановы — это потомки тех, кого в быту звали Фиофаном, а не Феофаном.

С точки зрения географии, фамилия редкая. В дореволюционных переписях и метрических книгах она встречается в основном в центральных и северных губерниях — Владимирской, Ярославской, Вологодской. Там имя Фиофан фиксируется как самостоятельное, а не как искажение. В южных и сибирских регионах фамилия почти не попадается, что говорит о локальном бытовании исходного имени.

Сословное происхождение точно не установлено, но суффикс -ов и отсутствие дворянских родов в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» указывают на крестьянскую или мещанскую среду. Фамилия не относится к числу искусственных семинарских (которые часто оканчивались на -ский), а значит, её носители — потомки людей, получивших фамилию по отцу, а не по приходу или учебному заведению.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Феофанов, Фофанов, Фофонов — показывает, что Фиофанова стоит особняком: в ней сохранился начальный слог «фио», который в других вариантах редуцировался до «фо» или заменялся на «фео». Это делает фамилию ценной для историков языка как свидетельство живого произношения XIX века.