Фамилия Фиофанов — один из тех случаев, когда за внешне простым суффиксом -ов скрывается неочевидная основа. Вопреки ожиданиям, она образована не от имени Фиофан (такого в святцах нет), а от канонического мужского имени Феофан. Дело в диалектном произношении: в южнорусских и некоторых украинских говорах начальное «фе-» часто переходило в «фи-», а «е» после гласной редуцировалось — так Феофан превращался в Фиофана. Фамилия буквально означает «сын Фиофана», то есть потомок человека, которого в быту звали именно так.

Само имя Феофан (греч. Theophanes — «богоявление») было распространено среди духовенства и монашества, но встречалось и у крестьян, особенно на территориях, где греческое влияние сказывалось через церковные книги. В метрических записях XIX века форма Фиофан фиксируется в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — это указывает на ареал, где фамилия могла возникнуть независимо в разных семьях. Важно, что она не относится к числу семинарских «искусственных» фамилий: её породила живая речь, а не канцелярия.

Словообразовательная модель стандартна для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Феофан само по себе не было массовым, а его диалектный вариант Фиофан и вовсе оставался локальным. В советское время, когда паспортизация унифицировала написание, многие Фиофановы могли «исправить» фамилию на Феофанов, сочтя первый вариант просторечным. Поэтому современные носители — это, скорее всего, потомки тех, кто сохранил исходное народное звучание.

Стоит отличать Фиофанова от однокоренных Феофанов и Фофанов. Последний — результат ещё более сильного сокращения (Феофан → Фофан), и он гораздо распространённее. Если ваш предок записан как Фиофанов, это почти наверняка говорит о его происхождении из чернозёмной полосы России, где аканье и замена «ф» на «хв» (вплоть до Хвофанов) были в ходу. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это стопроцентно крестьянская или мещанская среда, чаще всего однодворцы или государственные крестьяне.