Фамилия Фисенков — редкий случай, когда суффикс -ов крепится не к имени или прозвищу, а к уже готовой фамилии или отчеству, причём украинского происхождения. В основе лежит имя Фисенко, а оно, в свою очередь, образовано от Фиса — народной, сокращённой формы крестильного имени Феофил (в переводе с греческого — «любящий Бога»). В украинской традиции от имён на -а часто образовывали фамилии на -енко: Фисенко — буквально «сын Фисы». Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские земли, его потомки могли получить на русской почве отчество уже от самой фамилии: «чей?» — Фисенков, то есть «внук или потомок Фисенко». Это типичная модель для фамилий, возникших на стыке двух языковых традиций, когда украинский патроним обрастал русским суффиксом.

Корень «Фис-» может сбивать с толку: на слух он напоминает греческое «физис» (природа) или даже фамилию Фисин, но здесь всё проще. Фиса — это один из множества «домашних» вариантов церковного имени Феофил, как, скажем, Филя от Филарет или Филат. В народе такие сокращения были удобнее длинных канонических имён, и именно они чаще всего становились основой для фамилий. Поэтому Фисенков — фамилия не про природу или рыбу, а про человека по имени Феофил, которого в быту звали Фисей.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях — там, где исторически плотно соприкасались русское и украинское население. В XIX веке Фисенковы не принадлежали к дворянству: это фамилия крестьянская или однодворческая, то есть людей, которые несли сторожевую службу на южных рубежах и жили обособленно от основной массы крепостных.

С точки зрения словообразования интересно, что суффикс -енк- в фамилии Фисенков — не просто украинский патронимический формант, а часть основы. Если бы фамилия образовывалась напрямую от имени Фиса, мы бы получили Фисин или Фисов. Но наличие -енко указывает на промежуточное звено: сначала появился род Фисенко, а уже от него — Фисенковы. Такая двухступенчатая модель встречается реже одношаговых фамилий и выдаёт миграционную историю семьи: предок сменил языковую среду, и его фамилию «переделали» под местные правила.