Фамилия Фисенкова — женская форма фамилии Фисенков, а та в свою очередь происходит от мужского прозвища или имени Фисен. В основе лежит разговорная форма крестильного имени Феодосий (от греческого «богом данный»). В народном произношении имя Феодосий нередко упрощали до Федос, Фос, а в некоторых говорах — до Фис. Суффикс -енк(о) в русских фамилиях характерен для южных и западных регионов, прежде всего для Украины и юга России: он указывал на родство, чаще всего на сына или потомка. Таким образом, Фисенко — это «сын Фиса», то есть потомок Феодосия, а Фисенков и Фисенкова — русская адаптация той же модели с помощью патронимического суффикса -ов.

Географически фамилия Фисенков наиболее плотно встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также в сопредечных районах Украины — там, где исторически смешивались русские и украинские говоры. Это не случайно: именно в этих местах была распространена модель образования фамилий на -енко, которую затем «обрусели» добавлением -ов. В дореволюционных переписях носители фамилии Фисенковы чаще всего числились государственными крестьянами или однодворцами — особым сословием, которое занимало промежуточное положение между крестьянами и мелкими помещиками.

Интересная деталь: в некоторых старых документах можно встретить вариант Фисенок или Фисенковъ с окончанием на твёрдый знак. Это объясняется тем, что до реформы орфографии 1918 года фамилии на -ов писали с твёрдым знаком на конце, а украинский вариант -енко мог записываться как Фисенок — без конечного -о, под влиянием местного произношения.

С точки зрения словообразования фамилия Фисенкова стоит в ряду таких же «двойных» патронимов, как Иващенков, Даниленков, Павленков. Все они показывают, как южнорусская модель на -енко «прирастала» северным суффиксом -ов, когда носители переселялись или когда писарь переоформлял фамилию на русский лад. Поэтому Фисенкова — не просто женский вариант, а свидетельство сложного диалектного и миграционного прошлого рода.