Фамилия Флакин — редкая и неочевидная по происхождению. В ней нет привычного суффикса -ов или -ин, образованного от церковного имени, что сразу наводит на мысль о прозвище или заимствовании.

Скорее всего, основа — «флак» или «флака». В русских говорах словом «флак» называли флаг, знамя. «Флакой» могли прозвать бойкого, заметного человека, либо того, кто нёс знамя в войске или на празднике. В этом случае фамилия Флакин — это вариант отчества от прозвища Флака: «чей сын?» — Флакин. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не на местность, что типично для прозвищных фамилий XV–XVII веков.

Есть и другая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с диалектным «фляка» — так в некоторых областях называли брюкву или репу. Прозвище могли дать огороднику или человеку круглой, полной фигуры. Однако в этом случае фамилия чаще писалась бы через «я» — Флякин. Вариант с «а» (Флакин) больше тяготеет к «флагу».

Географически фамилия встречается точечно, в основном в центральных областях России, но нигде не образует гнёзд. Это говорит о том, что род мог быть небольшим или разветвлённым, но не массовым. В дворянских родословных книгах Флакины не значатся — скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми.

Интересная деталь: в русских говорах слово «флаг» появилось при Петре I из голландского (vlag), а до этого использовали «стяг» или «знамя». Если прозвище Флака возникло после петровской эпохи, оно могло быть новым, «модным» — так называли солдата, служившего при знамени, или просто щёголя, любившего яркую одежду. Получается, фамилия Флакин — не древняя, а скорее поздняя, из XVIII века.