Фамилия Флилиппов — редкий и, скорее всего, искажённый вариант распространённой фамилии Филиппов. Её основа — крестильное мужское имя Филипп, которое пришло в русский язык из греческого (Philippos, «любящий коней»). Однако написание с двумя «л» (Флилиппов) нехарактерно для русской ономастики: в канонической форме имени и производных фамилий всегда одна «л» и одна «п» (Филипп — Филиппов). Второе «л» в начале слова — почти наверняка результат ошибки писаря или диалектного произношения, где «фи» могло звучать как «фли» из-за аканья или небрежной записи под диктовку.

Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Флилиппов — буквально «сын Флилиппа», то есть человека по имени Филипп. В русской традиции фамилии на -ов образовывали от полных форм имени, в отличие от -ин (от основ на -а/-я). Если бы это была форма от прозвища, а не от имени, ожидался бы иной суффикс — но в данном случае основа явно именная.

Географически фамилия Флилиппов встречается крайне редко, в основном в единичных записях XIX–XX веков. Её носители, скорее всего, происходят из мест, где грамотность была низкой, а фамилии фиксировали на слух — например, в северных или центральных губерниях России. Социальный состав типичен для крестьянской среды: предки Флилипповых могли быть государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по имени отца после отмены крепостного права.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Филиппов, Филипович, Филипьев) показывает, что именно форма с двойным «л» — аномалия, а не локальный вариант. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» или работах В. Никонова подобное написание не упоминается как самостоятельное, что подтверждает его орфографическую случайность. Поэтому для носителя фамилии Флилиппов наиболее вероятная история — ошибка в документе, закрепившаяся в паспорте и перешедшая по наследству.