Фамилия Флин — на редкость короткая и звонкая, но её происхождение неочевидно, и здесь есть над чем задуматься. В русском языке фамилии такой формы — большая редкость. Обычно русские фамилии оканчиваются на -ов, -ев, -ин или -ский, а Флин стоит особняком. Это почти наверняка указывает на то, что корни у неё не русские, а скорее всего, западноевропейские.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к ирландской или шотландской фамилии Flynn (ирл. Ó Floinn — «потомок Флинна»). Личное имя Flann в переводе с древнеирландского означает «рыжий», «красный». Таким образом, прозвище предка могло указывать на цвет волос — рыжий человек. В русском языке фамилия могла упроститься до формы Флин через отсечение окончания или при адаптации на слух. В пользу этого говорит и то, что фамилия Флин встречается в среде потомков ирландских или шотландских переселенцев, а также в тех регионах, куда в XVIII–XIX веках приезжали специалисты из Британии.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение. В советское время иногда меняли фамилии на короткие и «интернациональные», созвучные западным. Человек с длинной или неблагозвучной фамилией мог взять себе псевдоним Флин — по аналогии с фамилиями литературных героев (например, Флинт) или просто ради благозвучия.

Географически фамилия Флин в России редкая. Её можно встретить в крупных городах, особенно в Москве и Санкт-Петербурге, а также в портовых городах, куда исторически заходили иностранные моряки. Встречается она и в Беларуси, и на Украине, но повсеместно — в единичных случаях.

С точки зрения словообразования, если считать фамилию русской по форме, то она лишена типичного фамильного суффикса. Это так называемая «чистая» основа, что для русской ономастики нетипично. Поэтому, даже если носитель фамилии считает себя русским, скорее всего, его предок-основатель фамилии был иностранцем, либо фамилия была изменена в XX веке.