Фамилия Фндоян — редкий случай, когда носитель почти наверняка может определить регион происхождения, даже не заглядывая в словари. Характерное скопление согласных в начале и суффикс -ян выдают армянские корни. Это типичная фамилия, образованная по патронимической модели: к основе, восходящей к личному имени или прозвищу предка, добавили формант -ян, который в армянском языке выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин, то есть указывает на принадлежность роду.

Основа Фнд- (или, в более полной записи, Фндо-) скорее всего является искажённой или сокращённой формой. В армянской ономастике известны фамилии, образованные от имени Фандо или Фендо — это могли быть варианты греческого имени Феодор (Теодор) или, реже, имя Фандун. Но более правдоподобно, что перед нами — результат диалектного произношения или ошибки при записи. В армянских говорах встречается звук «ф», который часто заменяет «п» или «б» в заимствованных словах. Таким образом, Фндоян могло возникнуть из Пндоян или Бндоян, а те, в свою очередь, — от имени Пиндо или Биндо. Эти краткие формы могли быть производными от имени Пиндрос (армянская версия имени Питер) или от прозвища, связанного с каким-то ремеслом — например, от слова «пнд» (пень, обрубок), что указывало бы на коренастого человека или плотника.

Географически фамилия Фндоян тяготеет к западным областям исторической Армении, где диалекты были более подвержены влиянию арабского и тюркского языков, а также к среде армян-ремесленников, переселявшихся в крупные города Российской империи. Встретить её можно в армянских общинах Ростова-на-Дону, Краснодара и некоторых городов Центральной России, куда люди с такой фамилией переезжали в XIX-XX веках. Из-за редкости и необычного звучания фамилия часто подвергалась переосмыслению: при записи в документах её могли «исправлять» на более привычную Фандоян или даже на русскую Фандин. Те, кто носит эту фамилию сегодня, могут считать её уникальным маркером: она почти не встречается за пределами армянской диаспоры и указывает на довольно узкую ветвь рода, возможно, происходящую из одной конкретной деревни или ремесленного цеха.