Фамилия Фогус — редкий случай, когда написание и звучание почти не оставляют сомнений в происхождении. Она не русская по корню, искать её в словарях восточнославянских фамилий бесполезно. Перед нами, скорее всего, немецкая или голландская фамилия, записанная кириллицей.

В основе лежит немецкое слово «Fuchs» — «лиса». В немецком языке фамилия Fuchs (Фукс) распространена повсеместно, как в России Иванов. Однако форма Фогус — это не прямая транслитерация, а либо диалектное произношение, либо искажение при записи в российских документах. В некоторых немецких диалектах, особенно нижненемецких, «Fuchs» могло звучать как «Foss» или «Fos», а русское ухо и канцелярское перо могли зафиксировать это как «Фогус». Вторая версия — фамилия могла возникнуть из немецкого «Vogel» (птица) в диалектной форме «Vogus», но это менее вероятно, так как «лиса» как прозвище встречается гораздо чаще.

Что означало такое прозвище? В средневековой Германии «Лисой» (Fuchs) называли человека хитрого, изворотливого, с рыжими волосами или же того, кто промышлял охотой на лис. Фамилия могла закрепиться и за переселенцем из немецких земель, приехавшим в Российскую империю по приглашению Екатерины II. Немецкие колонисты селились в Поволжье, на юге Украины, в Причерноморье. Именно в этих регионах и встречаются единичные носители фамилии Фогус сегодня.

Суффикса -ов или -ин в фамилии нет, что подтверждает её нерусское происхождение. Она стоит в «чистом» виде, как и многие фамилии немецких колонистов (Миллер, Шмидт, Фишер). В русском языке при склонении фамилия Фогус ведёт себя как существительное второго склонения: «нет Фогуса», «думаю о Фогусе». Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Фо́гус.

Таким образом, Фогус — это не переосмысленное русское слово, а осевшая в документах немецкая фамилия-прозвище, означающая «лиса». Носители этой фамилии, вероятно, потомки немецких колонистов, сохранивших фамилию в слегка изменённом произношением виде.