Фамилия Фомоиди — редкий случай, когда русское по происхождению имя оказывается «упаковано» в греческую фамильную модель. Основа здесь очевидна: каноническое мужское имя Фома (от арамейского «близнец»). Но вот суффикс -иди выдает не великорусскую, а новогреческую традицию образования фамилий. В Греции и среди греческих диаспор суффикс -идис (и его усеченная форма -иди) означает «сын» или «потомок», как русское -ов/-ев. Таким образом, Фомоиди буквально значит «потомок Фомы».

Как эта фамилия могла появиться у носителей русского языка? Вероятнее всего, перед нами результат ассимиляции греческой фамилии Фомидис или Фомаидис на территории бывшей Российской империи — например, среди греков Приазовья, Крыма или Одессы. В XIX — начале XX века многие греческие переселенцы получали или адаптировали фамилии по местным законам, и форма на -иди (без конечного «с») фиксировалась в документах как более привычная для русского уха. Встречается также вариант Фомаиди — с ударением на последний слог, что тоже типично для греческих фамилий в русской записи.

Интересно, что в русской среде фамилия на -иди не склоняется по падежам (как и другие фамилии греческого типа — Каратеодори, Папанагопуло). Это сразу выдает её иноязычное происхождение, хотя корень — чисто христианский, славянский. По сути, Фомоиди — это «греческий Фомин», то есть тот же патроним, но оформленный по законам другой языковой группы.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных базах данных и телефонных справочниках России она фиксируется единичными случаями, в основном на юге страны. Это не массовая фамилия, а скорее семейное наследие, сохранившее память о греческих корнях предка, которого в крещении назвали Фомой.