Фамилия Фомаиди образована от мужского крестильного имени Фома, которое в переводе с арамейского означает «близнец». Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным для недоверчивого слушателя. Так, при образовании греческих фамилий широко использовались греческие суффиксы отчества -адис, -идис, -иди, -оу, уменьшительные суффиксы -аки/-акис, -утсос, корень -поло/-полос/-пулос со значением «дитя», увеличительные суффиксы -арос, -акас, суффиксы, указывающие на географические названия, -ианос, -икос, -итис и другие. Таким образом, потомок человека, которого звали Фома, со временем получил фамилию Фомаиди.