Фамилия Фомусова — женская форма мужской фамилии Фомусов. Её основа, на первый взгляд, прозрачна: корень «фом-» отсылает к каноническому мужскому имени Фома. Однако суффиксальная часть «-ус-» делает эту фамилию нестандартной и заслуживающей отдельного разбора.

В русской ономастике фамилии на «-усов» встречаются редко. Чаще всего они указывают на польское или западнорусское происхождение, где суффикс «-ус» мог выступать как уменьшительно-ласкательный или прозвищный формант. В случае с Фомусовым мы имеем дело с прозвищем Фомус — то есть «маленький Фома», «Фомка» в несколько иной, возможно, шутливой или ироничной огласовке. Такие прозвища нередко давались не только по имени, но и по характеру: Фомусом могли окрестить упрямого, недоверчивого человека (вспомним фразеологизм «Фома неверующий»).

Другая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с латинским корнем «fumus» (дым), от которого в европейских языках образованы слова вроде «фумигация». Однако для славянской фамильной модели это нетипично, и если бы такая гипотеза подтверждалась, фамилия имела бы вид Фумусов, а не Фомусов.

Географически фамилия Фомусов (и Фомусова) тяготеет к южнорусским и украинским областям, где фамилии с суффиксом «-ус» встречаются чаще, чем в северных губерниях. В дореволюционных метрических книгах носители этой фамилии фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Таким образом, предки современной обладательницы фамилии Фомусова, скорее всего, были выходцами из малороссийских земель, а их родовое прозвище закрепилось в документах именно в той форме, которая дошла до нас.