Фамилия Фонасеин — редкий пример, когда исходное имя практически стёрлось в произношении, но сохранилось в написании. В основе лежит крестильное имя Афанасий (от греческого «афанатос» — бессмертный). В русских говорах имя Афанасий часто звучало как Фонасей: с утратой начального «а» и переходом «ф» в устойчивую позицию. От этой народной формы Фонасей с помощью патронимического суффикса -ин и образовали фамилию — буквально «сын Фонасея».

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не к роду в целом, что типично для фамилий северных и центральных регионов России. Фонасеин — вариант, возникший не в книжной, а в устной традиции, где имя записывали на слух. Это отличает её от более распространённых Афанасьев или Афонасьев, которые закрепились в официальных документах.

Встречается фамилия крайне редко, преимущественно в областях, где диалектное произношение имени Афанасий как Фонасей было устойчивым — например, в бывших Вологодской и Архангельской губерниях. Носители фамилии, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по отцу в XIX веке, когда массово закреплялись родовые прозвания.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Фонасейкин, Фонасев, Фонасов — то Фонасеин стоит особняком из-за суффикса -ин. Он не просто передаёт отчество, а подчёркивает прямую линию: «чей сын?» — Фонасеин. В этом смысле фамилия — живое свидетельство того, как местный говор влиял на официальную запись имени, не подгоняя её под церковный канон.