Фамилия Фоносейкин — редкий образец русской фамилии, образованной не напрямую от имени или прозвища, а от отчества, которое, в свою очередь, возникло из прозвища. Её основа — Фоносейка, уменьшительно-пренебрежительная форма от имени Афанасий. В народной речи имя Афанасий (греч. «бессмертный») подверглось сильному сокращению: сначала до Фонас, а затем до Фоносей. Суффикс -к- придал форме оттенок просторечия или даже насмешки: так могли называть человека невысокого роста, неуклюжего или, наоборот, слишком бойкого — в зависимости от контекста.

Главная особенность фамилии — редкий суффикс -ейкин. В русской ономастике он почти не встречается. Стандартные модели — Фоносов (от Фонос), Фонасов, Фонарёв. Фоносейкин же образован по той же схеме, что и, скажем, Афонейкин или Тимофейкин: к основе на -ей (Фоносей) добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей сын?» — Фоносейкин. Это значит, что предок носителя фамилии был сыном человека по прозвищу Фоносейка.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где уменьшительные формы на -ейка были особенно распространены. Встретить её можно преимущественно в Архангельской, Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. В крестьянской среде такие прозвища часто закреплялись за целыми семьями, и, скорее всего, Фоносейкины были не дворянами, а государственными или помещичьими крестьянами.

Интересно, что в метрических книгах XIX века фамилия могла записываться по-разному: Фоносейкин, Фонасейкин, а иногда и Афонасейкин — под влиянием книжного варианта имени. Это говорит о том, что носители фамилии не всегда были грамотны, и писарь фиксировал прозвище на слух, вставляя привычное «А» в начало. Таким образом, Фоносейкин — живое свидетельство того, как из простонародного сокращения церковного имени рождалась уникальная фамильная форма, не укладывающаяся в стандартные словообразовательные схемы.