Фамилия Формоненко — редкий случай украинской фамилии с нетипичным корнем. Её основа сразу бросается в глаза: в украинском фамильном фонде почти нет слов на «форм-» восточнославянского происхождения. Это заставляет искать объяснение в западных влияниях.

Скорее всего, в основе лежит польское или немецкое слово «forma» (форма, образец, вид) либо производное от него прозвище. В польских говорах «forma» могло означать не только «форму», но и «фасон», «образец» или даже «манеру» — так могли прозвать портного, ремесленника, работавшего по лекалам, либо человека с заметной, «вычурной» внешностью. Суффикс «-енко» (уменьшительно-патронимический) указывает на типично украинскую модель образования: Формоненко — буквально «сын Формона» или «потомок того, кого звали Формоном». Само имя Формон — это, видимо, адаптированная на украинской почве форма польского прозвища Форма или Форман (от «forma»), куда вставили соединительный элемент «-он-» для благозвучия.

Версия с немецким корнем тоже имеет право на существование. Немецкая фамилия Formann (от «Vormann» — передовой, старший) при переселении на украинские земли могла обрусеть до Форман, а затем получить типичный украинский патроним Формоненко. В таком случае предок был либо управляющим, либо старшим в артели — «передним человеком».

Географически фамилия привязана к центральной и восточной Украине, где суффикс «-енко» доминировал в XVII–XIX веках. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одной семьи переселенцев из Западной Украины или Польши. Социально носители фамилии, судя по модели, были казаками или крестьянами, а не шляхтой: патронимы на «-енко» в массе своей давали простым людям.

Другие версии (например, от греческого «формо» — несу, или от латинского «formo» — создаю) выглядят натяжкой: украинская фамилия с таким суффиксом вряд ли возникла бы напрямую из классических языков. Самое правдоподобное объяснение — западное прозвище, связанное с ремеслом или положением, которое «прижилось» в украинской среде и обросло местным окончанием.