Фамилия Фотан — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике она не входит в число типичных, а значит, её корни стоит искать либо в искажённом написании, либо в заимствовании из других языков.

Скорее всего, фамилия образована от имени или прозвища Фотан. Это имя могло быть народной формой крестильного имени Фотий (от греч. «светлый»). В русских говорах имена нередко упрощались: Фотий превращался в Фот, Фотей, а уменьшительно-пренебрежительная форма могла дать Фотан. Суффикс -ан в русских фамилиях (как в Иванов — Иван, Петров — Петр) здесь не работает: Фотан — это не отчество, а само прозвище или имя, которое затем закрепилось как фамилия без дополнительного суффикса.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим словом φως (фос) — «свет». В этом случае Фотан могло быть прозвищем человека с прозрачным намёком на «светлую голову» или, наоборот, ироничным именем для кого-то недалёкого (свет в значении «пустой»). Однако такая гипотеза слаба, так как прямых заимствований из греческого в виде фамилий на -ан в России почти нет.

Географически фамилия почти не встречается. Если она и бытовала, то, вероятно, на юге России или в среде духовенства, где греческие имена давали чаще. В любом случае, носитель фамилии Фотан — обладатель нестандартного родового имени, которое обошло стороной массовые суффиксальные модели.