Фамилия Фруйдун — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования от славянских корней или крестильных имён. Скорее всего, это фамилия еврейского происхождения, и её основа — личное имя Фруйдун, вариант имени Фрейда или Фройда. В идише и на иврите это имя означает «радость» (от идиш פרייד — фрейд). Суффикс -ун в еврейских фамилиях встречается реже, чем -зон или -ман, но он характерен для восточноевропейского ареала, особенно для территорий бывшей Речи Посполитой (Польша, Беларусь, Украина). Он мог выполнять уменьшительную или прозвищную функцию, превращая имя Фруйд в Фруйдун — что-то вроде «радостный», «весельчак».

Другая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с румынским или молдавским словом «frâu» (узда, повод) или производными от него. Однако в таком случае фамилия звучала бы иначе, например, Фрэудун, и не имела бы широкого распространения в русскоязычной среде. Географически фамилия Фруйдун почти не встречается в центральной России, её следы ведут в западные губернии — Волынскую, Подольскую, Гродненскую, где в XIX веке жили еврейские общины. Там фамилии часто записывались на слух писарями, поэтому возможны варианты написания: Фруйдун, Фройдун, Фруйдунн.

В русском языке фамилия стоит в ряду так называемых «окающих» форм (с ударением на первый слог, скорее всего, Фрýйдун). Она не склоняется по падежам как типичная славянская фамилия на -ов, и её носители в дореволюционной России чаще всего относились к мещанскому или купеческому сословию — ремесленники, торговцы, владельцы мастерских. Сословной аристократии или дворянства среди Фруйдунов не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от личных имён в еврейской среде.

Если говорить о словообразовательной модели, то это чистая основа (Фруйд) плюс суффикс -ун. В русской ономастике такой суффикс встречается в фамилиях типа Вертун, Болтун, Хвастун — он придаёт прозвищный оттенок. Но в еврейской традиции он скорее калькирует идишский уменьшительный суффикс -ун, который не несёт отрицательной окраски. Поэтому этимология фамилии прозрачна: предок получил прозвище или имя, означающее «радость», и это слово закрепилось за его потомками.