Фамилия Фудюнова — женская форма фамилии Фудюнов. Её основа, Фудюн, звучит необычно для русского уха, и это сразу выдаёт нерусское происхождение корня. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая на стыке культур: русский суффикс -ов/-ев присоединился к основе, которая пришла из тюркских языков. В тюркских наречиях встречается слово «фудюн» или близкие ему формы, означающие «судья», «знаток», «толкователь» — нечто вроде арбитра или мудреца. В таком случае прозвище Фудюн давали человеку рассудительному, справедливому или тому, кто разбирал споры.

Есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых тюркских диалектах «фудюн» могло быть искажением от «будун» — «народ», «племя». Тогда прозвище Фудюн указывало на человека, который был «из народа», простого происхождения, или, наоборот, на того, кто объединял людей. Обе версии правдоподобны, но первая — с судьёй — встречается в ономастических исследованиях чаще, поскольку прозвища по роду занятий или социальной роли были очень распространены.

Суффикс -ов в фамилии Фудюнов указывает на то, что её ядро сформировалось в русской среде, вероятно, в XVI–XVII веках, когда тюркские имена и прозвища активно входили в обиход служилых людей, казаков и крестьян южных и восточных регионов. Географически фамилия редкая, её носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале — зонах активных контактов славянского и тюркского населения.

Примечательно, что фамилия Фудюнова почти не имеет однокоренных «родственников» в русском ономастиконе. Нет распространённых вариантов вроде Фудяев или Фуденков — это говорит о том, что прозвище было локальным, возможно, закрепилось в одной семье или небольшой общине. Так что предки человека с этой фамилией, скорее всего, жили в смешанной среде, где русский язык соседствовал с татарским или башкирским, а их родоначальник выделялся умом, авторитетом или просто необычным прозвищем, которое и дало начало фамилии.