Фамилия Фундаковский — яркий пример того, как географическое название может превратиться в фамилию. Её основа — топоним, скорее всего, название населённого пункта вроде Фундаково, Фундаковка или Фундаки. Такие названия встречаются в разных регионах, но особенно характерны для западных областей России, Беларуси и Украины, где слово «фундак» (или «фундамент») имело хождение в народной речи. В переносном смысле так могли называть крепкое, основательное строение или место, где закладывали дом.

Суффикс -ский (в старом написании -ской) — типичный для польской и западнорусской шляхты, а также для духовенства. В XVII–XIX веках фамилии на -ский активно давали семинаристам: их образовывали от названий сёл и храмов, где служил отец будущего священника. Поэтому Фундаковский мог быть выпускником духовной семинарии, которому «прописали» фамилию по месту рождения или приходу. Однако не стоит исключать и светский вариант: помещик или крестьянин, переехавший из Фундаково в другое место, мог получить прозвище Фундаковский как указание на прежнюю родину.

Интересна и сама основа. Слово «фундак» в южнорусских и украинских говорах означало не только фундамент, но и «основу», «основание». В некоторых диалектах так называли крепкого, коренастого человека — «фундак» как синоним «кряжа» или «корня». Если фамилия образовалась не от топонима, а напрямую от прозвища, то Фундаковский — это «потомок человека по прозвищу Фундак», то есть основательного, надёжного. Эта версия менее вероятна, поскольку модель с суффиксом -ский редко образуется от личных прозвищ (для этого чаще брали -ов или -ин), но полностью её отбрасывать нельзя.

В отличие от массовых фамилий на -ов, Фундаковский — относительно редкая. Носители её разбросаны по разным регионам, но чаще встречаются в чернозёмной полосе России и на востоке Украины. Сословная принадлежность могла быть разной: от священников до однодворцев (потомков служилых людей, живших на южных границах). Единого родоначальника у фамилии нет — разные семьи Фундаковских вряд ли связаны общим предком, скорее, это несколько независимых «гнёзд», возникших в разных сёлах с похожими названиями.