Фамилия Функнер ведет свое начало от прозвища Функ, которое происходит от немецкого слова Vunke - «искра». Возможно, так прозвали маленького, заводного или вспыльчивого человека. Кроме того, прозвище Функ могли дать кузнецу. В этом случае данное прозвище относится к числу так называемых «профессиональных» именований, указывающих на род занятий предка.