Фамилия Фусенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по самой распространённой в этой традиции модели. Суффикс -енко в украинском языке указывает на происхождение по отцу: «чей сын?» — Фусенко, то есть сын Фуса. Это уменьшительно-ласкательная форма, типичная для южнорусских и малороссийских земель, где такие фамилии массово закрепились в XVII–XVIII веках.

Основа фамилии — прозвище Фус. Его значение не лежит на поверхности, и здесь приходится выбирать между двумя версиями, одна из которых заметно убедительнее. Первая, самая прямая: Фус — это немецкое диалектное слово, означающее «нога» (от Fuss). Вторая, более вероятная в контексте украинской ономастики: Фус — это искажённая или диалектная форма прозвища, связанного с глаголом «фусоваться» (беспокоиться, суетиться, капризничать). В украинских говорах слово «фус» могло означать капризного, привередливого человека или того, кто постоянно чем-то недоволен.

Менее правдоподобно связывать Фус с греческим именем Феодосий (сокращение до Фус) — такие сокращения редки и нехарактерны для украинской народной традиции. Также маловероятна связь с названием растения «фуза» (вид водоросли), так как прозвища от ботанических названий в этой среде не были распространены.

Таким образом, наиболее вероятно, что первый носитель фамилии, Фус, получил своё прозвище за характер — за беспокойный нрав, суетливость или капризность. Фамилия Фусенко не относится к числу дворянских или казацких старшинских — её носителями были, скорее всего, крестьяне или мещане из центральной Украины. В современных украинских телефонных справочниках фамилия встречается, но не массово, что указывает на её локальное происхождение.