Фамилия Фузенко — типичный пример украинской модели фамилии на -енко, характерной для Поднепровья и Левобережной Украины. Суффикс -енко, по распространённому мнению ономастов (в частности, Б. Унбегауна), исторически означал «маленький», «сын такого-то» или «ученик» и закрепился как основной фамильный формант в казацкой среде. Основа Фуз- в такой фамилии указывает на прозвище родоначальника.

Самая вероятная версия происхождения основы — от украинского или южнорусского диалектного слова «фуза». В говорах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, либо, в некоторых регионах, увальня и простака. Прозвище Фуза мог получить человек медлительный или, напротив, грузный и тяжелый на подъем. Встречается и другое значение — «фуза» как вид грубой ткани или мешковины, но в основе прозвища это менее вероятно: скорее всего, прозвище характеризовало внешность или характер, а не занятие.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с немецким или еврейским корнем, где «Fuss» — нога, а «Fuz» могло быть искажённым вариантом. Однако для украинской фамилии на -енко такое объяснение натянуто: подобные фамилии обычно возникали в крестьянской и казачьей среде, где влияние немецкого языка было минимальным. Правдоподобнее считать Фузенко чисто восточнославянским образованием.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одного села или хутора. Основной ареал — центральные и восточные области Украины, откуда фамилия могла мигрировать на юг России и в Краснодарский край вместе с переселенцами. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в Полтавской, Харьковской и Екатеринославской губерниях.

Таким образом, предки носителей фамилии Фузенко — скорее всего, украинские крестьяне или казаки, получившие уличное прозвище Фуза за медлительность или простодушие. Фамилия не дворянская, не искусственная (семинарская), а народная, живая, возникшая естественным путём в среде, где прозвище было единственным способом выделить человека среди однофамильцев.