Фамилия Фысына — редкая и с первого взгляда необычная для русского уха. Её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса: окончание -а и характерное ударение указывают на то, что перед нами форма родительного или винительного падежа, застывшая в фамилии. Такие фамилии (типа Скоробогатова, Живаго) обычно имеют украинское, белорусское или южнорусское происхождение, но в случае с Фысына всё сложнее.

Основа фамилии — «Фысын» — не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Наиболее правдоподобная версия связывает её с диалектным словом «фыса» или «фыс» — так в некоторых говорах (особенно на юге России и в Поволжье) называли сырое, болотистое место, мочажину, топь. Слово редкое, возможно, тюркского или финно-угорского происхождения, но закрепившееся в местных говорах. Тогда Фысына — это человек, живший у такого болота или на сырой низине: «фысынский» — «житель фысы», а фамилия — указание на его родовое место.

Вторая версия, менее надёжная, — что «Фысын» — это искажённое личное имя или прозвище от тюркского «фыс» (свист, шипение) или «фысы» (тихий, незаметный). Но в таком случае фамилия скорее получила бы суффикс -ов или -ин, а не окончание -а. Поэтому версия с географическим прозвищем выглядит убедительнее.

Фамилия почти не встречается в исторических документах и современных справочниках — это говорит о её крайне локальном бытовании. Носители Фысына, скорее всего, происходят из небольшой группы сёл или хуторов, где слово «фыса» было в ходу. В сословном отношении предки могли быть крестьянами или однодворцами, жившими на окраинах чернозёмной полосы. Поиск по современным базам показывает единичные случаи фамилии в Краснодарском крае и Ростовской области — это подтверждает южную привязку.