Фамилия Габенец — редкий случай, когда географическая привязка перевешивает все остальные версии происхождения. Её основа — топоним, а не личное имя или прозвище. Скорее всего, предок носителя этой фамилии происходил из населённого пункта с названием Габен или Габени. Такие названия встречаются в Польше и Западной Украине (например, село Габень в Ивано-Франковской области). Суффикс -ец в русских, украинских и белорусских фамилиях стандартно указывает на выходца с определённой территории: «габенец» — тот, кто из Габена.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем Габен, которое могло быть уменьшительной формой от Аввакум или Гапон. В этом случае суффикс -ец работал бы как патронимический, обозначая потомка человека с таким именем. Однако для русской ономастики такое сочетание нетипично: фамилии на -ец от имён обычно редки и локальны.

Написание фамилии через «е» подсказывает, что корень звучал мягко — Габень, а не Габен. В украинском и польском языках это характерно для названий с уменьшительным или ласкательным оттенком. Социально фамилия Габенец, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянские фамилии на -ец в этой части славянского мира почти не встречаются.

В документах фамилия фиксируется с XIX века, преимущественно на территории Гродненской и Волынской губерний Российской империи, что подтверждает её западнорусское или польское происхождение. Сегодня она остаётся малочисленной: по открытым данным, в России её носят не более нескольких сотен человек, в основном на юге и западе страны.