Фамилия Габенова — женская форма мужской фамилии Габенов, и чтобы разобраться в её происхождении, нужно посмотреть на мужской вариант. Сама фамилия Габенов — редкая и неоднозначная с точки зрения корня. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище Габен, которое могло быть образовано от глагола «габить» — в некоторых русских говорах это означало «портить», «губить», «тратить попусту». Если так, то Габеном могли прозвать нерадивого хозяина или, наоборот, человека, который «габил» (то есть много тратил) на других, будучи щедрым. Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с тюркскими корнями, где «габен» могло быть вариантом имени или прозвища, означающего «защитник» или «сильный». Однако отсутствие широкого распространения фамилии в тюркоязычных регионах делает эту гипотезу слабой.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Фамилия Габенов (и, соответственно, Габенова) — это притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Габена, дочь Габена. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где крестьянские фамилии часто формировались именно так. Поскольку фамилия очень редкая, можно предположить, что её носители происходят из небольшого локального рода, возможно, из одной деревни или даже одной семьи, где прозвище Габен закрепилось за основателем. В современных справочниках и базах данных фамилия Габенова встречается единично, что подтверждает её уникальность и отсутствие массового распространения.

Интересно, что фамилия Габенов не имеет однокоренных популярных аналогов вроде Габов или Габин — это говорит о том, что прозвище Габен было узколокальным, возможно, даже одноразовым, данным конкретному человеку за какую-то особенность. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такая форма не фигурирует, что типично для редких, не попавших в общерусский ономастикон фамилий. Таким образом, предки носительницы фамилии Габенова — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди из отдалённой местности, где закрепилось это необычное прозвище.